Το αρχαίο όνομα της Σκοπέλου ήταν Πεπάρηθος από το όνομα του αδερφού του πρώτου οικιστή της
Ο Πεπάρηθος ήταν γιος του θεού Διονύσου και της Αριάδνης. Ως αδελφοί του αναφέρονται οι Στάφυλος, Θόαντας, Οινοπίων, Λάτραμυς, Ευάνθης και Ταυρόπολις. Σύμφωνα με το μύθο γεννήθηκε μαζί με το Στάφυλο, τον Θόαντα και τον Οινοποίωνα στη Λήμνο.
Αν και ο αδελφός του Στάφυλος αναφέρεται ως ο πρώτος οικιστής της Σκοπέλου, το νησί πήρε το όνομα του αδελφού του.
Στη Στάφυλο υπάρχει μυκηναϊκός τάφος, ενώ στη νοτιοανατολική πλευρά του κόλπου της Σκοπέλου στη θέση “Λιβάδι-Αμπελική” υπάρχει το Ασκληπιείο, το οποίο ταυτίστηκε χάρη στην ανεύρεση μιας ενεπίγραφης βάση αναθήματος που αφιερώθηκε στον Ασκληπιό.
Το 1961 αποκαλύφθηκαν για πρώτη φορά τοίχοι αρχαίων κτιρίων στην περιοχή, αλλά μέσα σε λίγα χρόνια καταστράφηκαν από τη θάλασσα.
Πιο πρόσφατες ανασκαφές στην ίδια θέση έφεραν στο φως εκτεταμένο κτιριακό συγκρότημα , η θέση του οποίου καθώς και τα διάφορα κινητά ευρήματα, ανάμεσα στα οποία κι ένα σφράγισμα με την επιγραφή ΑΣΚΛ σε όστρακο, συνηγορούν ότι πρόκειται για ιερό του Ασκληπιού. Το Ασκληπιείο της Σκοπέλου θεωρείται το αρχαιότερο στον χώρο του Αιγαίου.
Η αρχαιολογική σκαπάνη έχει αποκαλύψει μέχρι τώρα αμφορείς, ερυθρόμορφα αττικά αγγεία, τμήματα αγαλμάτων και πήλινων ειδωλίων και νομίσματα, που χρονολογούν το ιερό από τον 4ο αι. έως τους ελληνιστικούς χρόνους. Με βάση τα ευρήματα αυτά, φαίνεται ότι προσαρτήθηκαν ιερά και άλλων θεών με τον καιρό στο κύριο ιερό.
Στον αρχαιολογικό χώρο του Ασκληπιείου δημιουργήθηκε πρόσφατα ένα κιόσκι όπου εκτίθεται μικρός αριθμός ευρημάτων για τους επισκέπτες.
Kάτω από το ενετικό φρούριο, το Kάστρο βρίσκεται η ακρόπολη κλασικών χρόνων με το τείχος της αρχαίας Πεπαρήθου, τμήματα του οποίου σώζονται σε αρκετά σημεία. Στα δυτικά και στα βόρειο – δυτικά του Kάστρου, στις θέσεις “στου Kανάκη τη Λάκκα” και “Pάχες – Άγ. Kων/νος” σώζονται ακόμα οι καλοφτιαγμένοι τοίχοι που συγκρατούσαν τα πλατώματα, όπου πιθανότατα είχαν κτιστεί αντίστοιχα οι ναοί της Aθηνάς και του Διονύσου. Mέσα στην περιοχή βρίσκονται πολλές μικρές εκκλησίες, όπως αυτή του Aγ. Aθανασίου. Στα θεμέλιά του βρίσκεται αρχαιότερο ιερό.
Tα περίφημα “Σεντούκια”, είναι μοναδικοί αρχαίοι λαξευτοί στο βράχο τάφοι, πιθανόν Yστερορωμαϊκών χρόνων, στο βουνό Kαρυά, συλημένοι από τον προηγούμενο αιώνα.
Κατά την αρχαιότητα η Πεπάρηθος φημιζόταν για το κρασί της (Πεπαρήθιος οίνος).
Η μετονομασία του νησιού στο σημερινό της όνομα, Σκόπελος, έγινε κατά τους ελληνιστικούς χρόνους.
Κατά την περίοδο της Φραγκοκρατίας το νησί ανήκε στην οικογένεια Γκίζη.
Μετά τη λεηλασία της από τον Μπαρμπαρόσα το 1538, υποδουλώθηκε από τους Τούρκους, στην κυριαρχία των οποίων έμεινε μέχρι το 1830, οπότε ενώθηκε με την Ελλάδα, που μόλις είχε ιδρυθεί.
Πρόσωπα με καταγωγή από τη Σκόπελο
Άγνων Πεπαρήθιος, Ολυμπιονίκης στο στάδιον, στην 53η Ολυμπιάδα, το 568 π.χ. (από αυτόν έχει πάρει το όνομά του ο οικισμός του Αγνώντα).
Ο Πεπαρήθιος ληστής Σώστρατος ο οποίος το 351 π.χ. κατέλαβε το νησί Κυρά Παναγιά βόρεια της Αλοννήσου και το έκανε ορμητήριό του.
Διοκλής ο Πεπαρήθιος, ιστορικός του 3ου αιώνα π.χ.